С 1993 года на государственной службе (Рабочий центр экономических реформ при Правительстве РФ, Министерство экономики, Администрация Президента РФ). Последняя должность – заместитель начальника Экономического управления Президента РФ. Действительный государственный советник РФ III класса. В июне 1998 года был вынужден уйти с государственной службы в связи с резкими протестами против политики правительства. С лета 1998 года – консультант (работал как фрилансер, по найму, как владелец консалтинговой компании). С этого же времени начал (совместно с О. Григорьевым, А. Кобяковым и рядом других экономистов) теоретическую работу по разработке теории кризиса, а затем и общей модели капитализма. Первые публицистические работы вышли летом 2000 г. (сайт polit.ru, журнал «Эксперт»), в 2003 году вышла первая книга, целиком посвященная теории кризиса («А. Кобяков, М. Хазин, «Закат империи доллара и конец „Pax Americana“»). С этого же времени практически каждый год публиковал годовые прогнозы мировой экономики и ситуации в России (которые затем вышли в книге «Черный лебедь мирового кризиса»). Ведёт сайт khazin.ru, на котором можно ознакомиться со всеми старыми прогнозами и найти комментарии М. Хазина к текущим событиям. Был ведущим и постоянным участником ряда телевизионных и радиопрограмм («Пятерка по экономике» на канале «Спас», на канале РБК, передачи «Экономика» на канале «Говорит Москва» и так далее). В 2015 году основал Фонд экономических исследований Михаила Хазина, основная задача которого – разработка математических моделей для отработки новых хозяйственных механизмов для посткризисной экономики России и мира. В 2016 году совместно с С. Щегловым опубликовал книгу «Лестница в небо», посвященную вопросам власти и государственного управления.